Я думаю что Вы не прописали (добавили) автозапуск vncserver-а.
# wget http://linux-notes.org/wp-content/uploads/files/vnc_server/vnc_server -O /etc/init.d/vncserver
# chmod +x /etc/init.d/vncserver
# update-rc.d vncserver defaults 99
# service vncserver restart
Проверяем работу 😉